Con el paso del tiempo, el convento se erigió en el principal centro religioso del Arrabal y en uno de los más destacados de la ciudad. La descripción que de sus dependencias hace fray Francisco de Neyla a finales del siglo XVII cuenta que tenía de una iglesia de cruz latina de grandes proporciones, con ocho capillas, tres sacristías y numerosos retablos, imágenes religiosas, lienzos provenientes de Italia y otras riquezas. Además, en el convento había dos claustros, uno de ellos con un pozo cuya agua era famosa en toda la ciudad por su calidad y pureza, una gran biblioteca, sala capitular, jardín, celdas para los frailes y dependencias hospitalarias en las que se atendía a los enfermos. En la parte cercana al río, disponía de un imponente muro que protegía las instalaciones conventuales de las intensas crecidas del río.
Durante los Sitios de Zaragoza el convento de San Lázaro fue arrasado casi por completo, ya que sirvió de baluarte defensivo de la ciudad por el norte y en sus inmediaciones se vivieron algunos de los combates más cruentos para proteger el acceso al Puente de Piedra. La caída de los conventos de Altabás y San Lázaro supuso la rendición de los más de dos mil defensores del arrabal, la primera que conseguían los franceses tras sesenta días de asedio.
Tras la desamortización de Mendizábal, en 1835, el solar del antiguo convento se convirtió en el cuartel de San Lázaro, y su entorno vivió un desarrollo a finales del siglo XIX, impulsado por la llegada del ferrocarril y la instalación en sus inmediaciones de la Estación del Norte, constituyéndose uno de los asentamientos tradicionales más importantes de la Margen Izquierda.
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